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Les contrôles sont effectués aux différents niveaux de la chaine alimentaire :
- A la production ; chez les agriculteurs, les pêcheurs, les éleveurs.
- A la transformation ; coopératives, industries laitières, abattoirs, industries de produits à base de viande ou de la pêche, aliments pour animaux.
- A la distribution ; transport, entreposage, restauration collective ou commerciale, commerces.
- Aux frontières ; sur les animaux, les végétaux et les denrées, importés ou exportés.
